מינסטר זכה למוניטין רב, בשל הספרים הרבים שערך ותרגם מעברית ללטינית, ביניהם מילות הגיון שכתב הרמב"ם ותרגום התנ"ך שיצא לאור בשני כרכים. הוא ספג ביקורת קשה מצד הממסד הנוצרי השמרני, בשל קשריו עם אנשי רוח יהודים ובשל הסתמכותו על הספרות הרבנית כמקור לפרשנות של הברית הישנה. כתגובה לביקורת, שלח מכתבים למלומדים יהודים, בהם הטיף להמרת דתם היהודית לדת הנוצרית. מאחורי משימה "מיסיונרית" זו עמדה מטרתו להדוף את הביקורת שהוטחה כלפיו, ולשכנע את מבקריו להתיר את קריאתם של הטקסטים הרבניים השנויים במחלוקת. פעולה זו הסתייעה בידו, שכן במהלך הזמן, זכה למוניטין גם בשל תרומתו המכריעה להפיכת לימודי העברית בגרמניה לדיסציפלינה אקדמית עצמאית.
