המשלחת הראשונה של אפגניסטן למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור. המשלחת כללה שני ספורטאים שהתחרו בשני ענפי ספורט. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג הייתה מצומצמת יותר וכללה ספורטאית אחת. כלל הספורטאים קיבלו את כרטיס הכניסה למשחקים באמצעות הוועדה המשולשת.